Группа физиков из ФИАН, МФТИ и МГУ разработала новый метод сравнения двух молекул РНК. Его неожиданным следствием стала гипотеза о статистическом механизме выделенности используемого природой «четырехбуквенного нуклеотидного алфавита».

 Источник фото: nkj.ru

Для эволюционной биологии вопрос сравнения ДНК и РНК последовательностей — один из ключевых, в частности, он позволяет судить о том, насколько далеко в эволюционном смысле разошлись друг от друга два рассматриваемых гена, и какие гены могут являться их общими предками. И если вопрос сравнения двух последовательностей молекул дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) с алгоритмической точки зрения не вызывает принципиальных трудностей, то задача построения алгоритма сравнения молекул рибонуклеиновой кислоты (РНК) наталкивается на серьезные препятствия и несмотря на значительный прогресс в этой области, до сих пор полностью не решена. Дело в том, что молекулы РНК содержат нетривиальную вторичную структуру типа «клеверного листа» или «кактуса». Сергей Нечаев (ФИАН), Михаил Тамм (МГУ) и Ольга Вальба (МФТИ) предлагают метод сравнения РНК, учитывающий как порядок следования нуклеотидов, так и комбинаторику, обусловленную тем, что молекула РНК может образовать разные кактусоподобные структуры.

читать полностью